VUS'un kendisinden başlayan, Türkçe öncelikli ve şeffaf ACMG karar desteği.
ACMG/AMP 2015 + ClinGen SVI + Tavtigian nokta çerçevesini deterministik uygulayan, dokuz kanıt katmanını paralel toplayan ve üstüne istişari mekanistik yorum ekleyen bu sistem, klinisyenin Türkçe girdiği ön tanı ve hasta bulgularını işler, raporu Türkçe verir ve sonucu Türkçe sorabileceğiniz bir diyalog sunar. Ham dizileme verisi (FASTQ, BAM) işlemez, varyant çağırmaz, filtreleme paneli değildir — bu işleri yapan olgun platformların bıraktığı yerde, elde bir VUS varken başlar.
Dokuz kanıt katmanı, tek deterministik karar
Her vaka için dokuz kanıt katmanı paralel toplanır → altı yorumlama modülü kanıtı biyolojik bağlamda değerlendirir → deterministik ACMG motoru puanları ve sınıfı üretir → bulgular klinisyene yönelik bir sentezle bir araya gelir → Türk tıbbi genetik standardında kaynak-atıflı rapor üretilir (HTML / Word / PDF) → ve sonucu, sekiz kaynaktan atıf toplayan RAG klinik asistanla Türkçe sorgulayabilirsiniz.
Vaka girişi
Varyant + Türkçe ön tanı + Türkçe hasta bulguları. Girişte kişisel veri (KVKK) temizlenir.
Dokuz kanıt katmanı
Popülasyondan splice etkisine, yetkin kaynaklardan paralel toplama.
ACMG motoru
Deterministik Tavtigian puanlama & kademe çözümü. Yapay zeka sınıfa dokunmaz.
Mekanizma & fenotip
Altı yorumlama modülü istişari yorum üretir; fenotip uyumu Türkçe bulguları neye çözdüğünü gösterir.
Türkçe standart rapor
Laboratuvar antetli, HTML / Word / PDF.
Asistana Türkçe sor
Sekiz kaynaktan atıf toplanır; doğrulanmayan atıf cevaba giremez.
Pipeline bugün ne yapıyor
Aşağıdaki kartların her biri sistemin gerçek, canlı bir yeteneğini yansıtır. İki ayırt edici özellik öne çıkar: Türkçe öncelikli tasarım ve Türk popülasyon verisi entegrasyonu.
ACMG / SVI sınıflandırma motoru
Sınıfı, alanın kabul görmüş Bayesçi çerçevesine (Tavtigian) göre kural-tabanlı bir motor belirler — yapay zeka değil.
- Tavtigian Bayesian puanlama & kademe çözümü
- Yapay zeka sınıflandırmaya dokunmaz; bu en temel mimari karardır
- Kalibre edilmiş patojenite olasılığı istişari, niteliksel bir aralıkla sunulur
- Uzman kürasyon önceliği: klinik otorite geçersiz kılabilir, gerekçesiyle kayıtlanır
Dokuz katmanlı kanıt toplama
Dokuz bağımsız katman paralel çalışır; her biri klinisyenin belirli bir sorusunu cevaplar.
- Popülasyon, klinik bağlam, gen kısıtı, tahmin modelleri, gen-hastalık ilişkisi, terapötik anlam, protein yapısı, kalıtım çözümleme, splice etkisi
- Popülasyon katmanı ayrıca "bu frekans güvenilir mi" sorusunu cevaplar: kalite filtresi, zor genomik bölge tespiti, bağımsız frekans kontrolü — literatürde standart olmayan özgün bir katkı
- Splice etkisi entegrasyonu tamamlanıyor; o zamana dek sistem "değerlendirilmemiştir" diye açıkça bildirir
Mekanizma ve fenotip yorumu
Toplanan kanıtı biyolojik bağlamda değerlendiren istişari modüller; sınıfı asla değiştirmez.
- Kanıt boşluğu analizi, mekanizma değerlendirmesi, yapısal etki, fonksiyonel bağlam, domain-fenotip ilişkisi
- Fenotip uyumu: Türkçe hasta bulgularını fenotip ontolojisine çözer ve neye çözdüğünü klinisyene geri gösterir — bilinçli bir güvenlik tasarımı
Vaka düzeyinde analiz
Gerçek vakalarda genellikle tek varyant değil, birden fazla varyant vardır.
- Bileşik heterozigot tespiti & faz çıkarımı
- Gen yalıtımı: ilgisiz genler arasında sahte mekanistik bağ kurulmasını önleyen bir güvenlik tasarımı
- Kalıtım modeli ile zigotluk arasındaki çelişkiler işaretlenir
Ön tanı → gen kümesi eşleme
Klinisyen ön tanıyı Türkçe girer; sistem 10.572 Türkçe hastalık adı içeren kontrollü bir sözcük dağarcığıyla uluslararası ontolojiye çözer.
- Genler küratörlü kaynaklardan (ClinGen, GenCC) çıkarılır
- Çeviri yapay zekaya bırakılmaz — deterministik bir eşleme kullanılır
- Hiçbir varyant gizlenmez: ön tanı dışındaki varyantlar da etiketlenir, bastırılmaz
Sonuç üzerine diyalog
Klinisyen serbest metinle soru sorar; cevap yalnız o soru için toplanmış kaynaklardan üretilir, dil modelinin hafızasından değil.
- Sekiz kaynaktan getirme: vakanın kendi analizi, PubMed/LitVar, OMIM, Orphanet, PharmGKB, ClinicalTrials.gov, Türk Variome
- Atıf-doğrulama kapısı: doğrulanamayan bir kaynak iddiası cevaba giremez
- Akış halinde yanıt, oturum boyunca hafıza
- Sınıfı değiştiremez, doğrudan klinik öneri veremez
Türk Variome entegrasyonu
3.362 bireyden agregat düzeyde derlenmiş yerel frekans veritabanı, uluslararası veriyle yan yana kullanılır.
- 5,2 GB / 46,4 milyon kayıt, yerel olarak saklanır
- Örneklem büyüklüğü bilinçli olarak gözetilir: sistem yerel veriden nadirlik iddiası üretmez
Rapor üretimi & vaka geçmişi
Türk tıbbi genetik standardında, laboratuvar antetli ve özelleştirilebilir rapor.
- HTML / Word / PDF çıktı
- Vaka geçmişi ve veritabanları güncellendiğinde yeniden değerlendirme
- KVKK onay akışı ve analiz sırasında canlı ilerleme göstergesi
Araştırma & yol haritası
Aşağıdaki başlıklar henüz canlı değildir; araştırma ve ürünleşme yol haritamızın parçalarıdır. Sistemin mevcut işleyişi bunlar olmadan da eksiksizdir.
Bilimsel / Akademik Geliştirme aşamasında
Splice-etki tahmini entegrasyonu
Kanonik splice bölgeleri zaten değerlendiriliyor. Derin intronik ve ekzon-içi düzenleyici varyantlar için ayrı bir tahmin modeli entegre ediliyor; o zamana dek sistem "splice açısından değerlendirilmemiştir" uyarısını açıkça verir.
Patojeniteye göre filtreleme
İkincil bulgular arasından klinik olarak anlamlı olanları öne çıkaracak bir filtre geliştiriliyor — ön tanıya göre değil, patojenite olasılığına göre. Hiçbir varyant bugün de gizlenmiyor.
Protein düzeyinde aday gen değerlendirmesi
Henüz hastalıkla ilişkilendirilmemiş genlerdeki varyantlar için protein düzeyinden (yapısal değişim, bölge önemi, kararlılık) çıkarım yapacak bir bileşen geliştiriliyor.
Protein kompleksi & yolak etkileşimi
Farklı genlerdeki varyantlar arasında küratörlü yolak/kompleks veritabanlarından doğrulanabilir ilişki kurulacak — yapay zeka tarafından varsayılmayacak. Mevcut gen-yalıtım güvenlik ilkesini bozmaz.
Laboratuvara özel değerlendirme hafızası
Her laboratuvarın kendi anonim değerlendirme geçmişini biriktirmesini sağlayacak bir bileşen geliştiriliyor; laboratuvar-içi tutarlılığı artırır.
Klinik fayda çalışması
50-100 gerçek klinik vaka, en az iki bağımsız değerlendirici ve altı boyutlu bir rubrikle, sistem destekli iş akışı mevcut iş akışıyla karşılaştırılacak. Projenin en kritik kanıt kapısıdır.
Ticarileşme Planlama aşamasında
Çok kullanıcılı ürün mimarisi
Sistem bugün tek kullanıcı üzerinden çalışıyor. Aynı laboratuvarda birden fazla uzmanın eşzamanlı kullanabilmesi, rol ve yetki ayrımı, vaka devri ve ortak değerlendirme için mimarinin çok kullanıcılı hale getirilmesi gerekiyor.
Laboratuvar bilgi sistemleriyle entegrasyon
Klinik laboratuvarlar varyant verilerini kendi bilgi sistemleri üzerinden yönetiyor. Sistemin bu ortamlarla veri alışverişi yapabilecek şekilde bağlanması, manuel aktarımı ortadan kaldırarak mevcut iş akışının içine girmesini sağlayacak.
Rapor üretimi ve laboratuvara özel raporlama
Değerlendirme çıktısının Türkiye'deki tıbbi genetik raporlama standardına uygun biçimde ve laboratuvarın kendi antetli formatında üretilmesi planlanıyor. Amaç, uzmanın rapor biçimlendirmeye harcadığı zamanı ortadan kaldırmak.
Canlı ortama alım
Sistem, mevcut özellikleriyle şu anda canlı ortamda çalışmaktadır.
Çok kiracılı veri güvenliği
Birden fazla laboratuvarın aynı altyapıyı kullandığı durumda her kurumun verisinin diğerlerinden yalıtılması gerekiyor. Erişim denetimi, veri ayrıştırma ve kurum bazlı denetim izi bu mimarinin zorunlu bileşenleri.
Tıbbi cihaz yazılımı kapsamının belirlenmesi
Klinik karar destek yazılımlarının tıbbi cihaz mevzuatı kapsamına girip girmediği, sistemin klinik kararı ne ölçüde yönlendirdiğine bağlı olarak değişiyor. Bu belirlemenin yapılması ve gerekmesi halinde uygunluk yolunun tanımlanması, ürünleşmenin ön koşulu.
Ticari kullanım lisanslarının alınması
Sistem, akademik ve araştırma kullanımında ücretsiz olan çeşitli dış veri kaynağı ve aracından (OMIM, FoldX vb.) yararlanıyor. Ürünün ticari olarak sunulabilmesi için bu kaynakların ticari kullanım lisanslarının alınması gerekiyor; bu, ürünleşmenin hukuki ön koşullarından biri.
Etik kurul süreçleri
Gerçek klinik vakalarla yürütülecek fayda çalışması etik kurul onayı gerektiriyor. Başvuru, çalışma tasarımı kesinleştikten sonra ilgili kurula yapılacak.
Fiyatlandırma
Ürünün laboratuvarlara hangi modelle sunulacağı, kurum aboneliği, vaka başı kullanım veya ikisinin birleşimi olarak henüz belirlenmedi. Modelin laboratuvarların mevcut maliyet yapısına ve vaka hacmine göre kurgulanması planlanıyor.
Pilot laboratuvar edinme
Sistem bugüne kadar tek klinik ortakla çalıştı. Farklı büyüklükte ve farklı iş akışına sahip laboratuvarlarla pilot kullanım, hem ürünün genellenebilirliğini test edecek hem de fayda çalışmasının vaka tabanını oluşturacak.
Motor sınıflandırır; MIL yalnızca yorumlar.
ACMG sınıfı kilitli, kural-tabanlı bir motor tarafından üretilir. Mekanistik yorum (MIL) katmanı bu sınıfın yanında mekanizma üzerine akıl yürütür — "neden"i verir, kararı asla vermez.
Kural-tabanlı ACMG sınıflandırma
ACMG/AMP kriterleri, alanın kabul görmüş Bayesçi çerçevesine (Tavtigian) göre kural-tabanlı, deterministik bir motorla puanlanır ve sınıfa çözülür. Aynı girdi her zaman aynı sınıfı verir.
Yapay zeka bu motora dokunmaz. Sınıflandırma yetkisi tümüyle deterministiktir — bu, sistemin en temel mimari kararıdır.
sınıf = f(kurallar, kanıt)Mekanistik yorum (6 modül)
Yorumlama modülleri literatürü ve mekanizmayı klinisyene özetler; fenotip uyumu Türkçe bulguları ontolojiye çözer ve neye çözdüğünü gösterir.
Çıktısı kesinlikle danışma amaçlıdır: kalibre edilmiş patojenite olasılığı bile niteliksel bir aralıkla sunulur ve sınıfı belirleyemez, değiştiremez ya da geçersiz kılamaz. Bu bir prompt talimatı değil, sistemin çalışma kuralıdır.
MIL yorumlar · kurallar sınıflandırırNe kanıtlandı, ne kanıtlanmadı
Kanıtlanan ve kanıtlanmayan ayrımı, projenin temel çalışma ilkelerinden biridir.
Kanıtlanmış olanlar
- Yön güvenliği: 390 varyantlık bir referans set üzerinde otomatik regresyon kontrolü çalışıyor; bilinen patojenik varyantların hiçbiri yanlışlıkla benign sınıflanmadı, bu ölçüm her kod değişikliğinde tekrarlanıyor.
- Uçtan uca işlevsellik: gerçek bir klinik vakada (Yeditepe Tıbbi Genetik) Türkçe tanı girişinden rapor çıktısına kadar tüm zincir doğrulandı.
- Güvenlik mimarisinin işlerliği: yapısal korumalar geliştirme sürecinde birden fazla kez gerçek hataları yakaladı ve düzeltilmesini sağladı.
- Bilimsel disiplin: protein-stabilite yaklaşımı ölçüldü, beklenen katkıyı sağlamadığı görüldü ve devre dışı bırakıldı — negatif sonuç kayıt altına alındı.
Henüz kanıtlanmamış olanlar
- Klinik fayda: sistemin klinisyen kararını mevcut iş akışına kıyasla iyileştirdiği henüz ölçülmedi — bu, planlanan fayda çalışmasının konusu ve projenin en kritik kanıt kapısıdır.
- Ölçek: şu ana kadar tek klinik ortakla ve sınırlı sayıda gerçek vakayla çalışıldı.
- Çok merkezli kullanım: farklı laboratuvarların iş akışına uyum henüz test edilmedi.
Güven için tasarlandı: şeffaf kanıt, sağlam veri
Kanıt kaynakları & veri bütünlüğü
- Canlı sorgulanan: gnomAD, ClinVar, NCBI literatür servisleri, UniProt/AlphaFold, CIViC, Orphadata, HGNC, hastalık ontolojisi servisleri.
- Yerel olarak saklanan: Türk Variome (5,2 GB, 46,4 milyon kayıt, 3.362 birey, agregat düzeyde), ClinGen gen-hastalık geçerlilik tabloları, GenCC kayıtları, Türkçe hastalık nomenklatürü, genom sürüm dönüşüm zincirleri.
- Yerel saklama bilinçli bir tercihtir: dış servise bağımlılık azalır, sonuçlar tekrarlanabilir olur ve hangi veri sürümüyle çalışıldığı kayıt altına alınır.
Gizlilik, denetim & KVKK
- Kişisel veri giriş noktasında otomatik temizlenir (TC kimlik, telefon, e-posta gibi desenler); arayüzde açık onay akışı vardır.
- Pilot arşivi yalnız yaş bandı düzeyinde veri tutar, kimlik bilgisi içermez.
- Denetim izi: her analiz hangi motor sürümüyle, hangi veri kaynaklarıyla ve hangi tarihte üretildiği kayıtlıdır; süresi dolan kayıtlar otomatik temizlenir.
- Kontrollü devre dışı bırakma: her büyük özellik bağımsız olarak kapatılabilir; sorunlu bileşen sistemin tamamı durdurulmadan izole edilir.
Demo erişimi için bizimle iletişime geçin
Klinik uygulama şu an pilot aşamasındadır ve erişim sınırlıdır. Pipeline'ı çalışırken görmek veya bir demo talep etmek için bize yazın; en kısa sürede dönüş yapalım.
veya doğrudan: [email protected]
Not. Bu bir klinik karar-destek sistemidir, tanı aracı değildir.