Geliştirdiğimiz ve yayımladığımız yazılımlar.

Çok Ölçekli Entropi Profilleme, tek hücreli RNA-seq verilerinde hücre içi entropiyi hücreler arası varyasyonla birleştirerek transkriptomik koordinasyonu karakterize eden, geleneksel analizlerin gözden kaçırdığı karmaşık hücresel durumları ortaya çıkaran ve herhangi bir kanser türüne veya hücresel sisteme uygulanabilen kapsamlı bir yaklaşımdır.

• Tek bir genel skor değil, yolak bazlı entropi ayrıştırması
• MSigDB üzerinden hazır 33.000'den fazla küratörlü gen seti
• Her tahmin için bootstrap güven aralıkları raporlanır
• Standart scRNA-seq iş akışları için tasarlandı

VUS Lens, çoğu varyant yorumlama aracının yapmadığı bir şeyi yapan deterministik bir ACMG sınıflandırma motorudur: bir sınıflandırmanın arkasındaki kanıtın, hastanın kökeni için gerçekten yeterli olup olmadığını denetler. Batı merkezli referans veri tabanlarının her popülasyon için geçerli olduğunu varsaymaz. Akıl yürütme katmanı Claude ile geliştirilmiştir.

• Deterministik ACMG kural motoru: aynı girdi, her seferinde aynı çıktı
• Köken temelli güven denetimi, referans verinin yetersiz kaldığı yerleri gösterir
• 1.277 bilinen patojenik varyanta karşı doğrulandı; hiçbiri yanlışlıkla benign sınıflanmadı
• Akıl yürütme katmanı Claude ile geliştirildi

VUS Pipeline, ACMG/AMP 2015 + ClinGen SVI + Tavtigian puan çerçevesini deterministik biçimde uygulayan, yetkin kaynaklardan paralel kanıt toplayan ve üzerine danışma niteliğinde mekanistik yorum ekleyen üretim düzeyinde bir klinik karar destek sistemidir; her adım izlenebilir ve kaynak gösterilerek raporlanır. Sınıfı LLM değil, kurallar belirler.

• Deterministik ACMG / SVI karar motoru (Tavtigian puanları)
• 8 katmanlı paralel kanıt toplama (gnomAD v4, ClinVar, SpliceAI, ClinGen, CIViC)
• Danışma niteliğinde mekanistik yorum katmanı; sınıfı asla değiştirmez
• Kaynak gösteren raporlar (HTML / PDF / DOCX) ve atıf doğrulamalı asistan

HybridTox, Random Forest modellerinin açık yapısal hafızasını Graf Sinir Ağlarının topolojik sezgisiyle, uzman karması (MoE) olarak çalışan şeffaf bir stacking topluluğu üzerinden birleştirir. Derin öğrenmenin sessiz hatalarını (dağılım dışı kimyada yüksek güvenle verilen yanlış tahminleri) önlemek ve veri kıtlığında arızaya dayanıklı bir katman sağlamak için tasarlandı.

• Şeffaf bir lojistik regresyon birleştiricisiyle bir araya getirilen Random Forest + GNN uzmanları
• 12 Tox21 son noktasında, 5 tohumlu protokolle değerlendirildi
• İç içe iskelet ayrımı: model daha önce görmediği kimyada test edilir
• Ön baskı ChemRxiv'de; Journal of Chemical Information and Modeling'de değerlendirmede

Dual Shield, kordoma için tek hücreli RNA-seq ve LLM ajan hattıdır. Dışta bir bağışıklık kaçışı kalkanı (HLA-E/NKG2A), içte bir yapısal direnç kalkanı (vimentin kaynaklı kısmi EMT) tanımlar ve her ikisini birden çökertebilecek kombinasyon stratejilerini arar. Ajanların ürettiği hipotezler raporlanmadan önce çekişmeli (adversarial) bir incelemeden geçer.

• Kordoma scRNA-seq verisinden her iki kalkan için tek hücre kanıtı
• Çekişmeli inceleme içeren LLM ajanlı hipotez üretimi
• 3D organoid ko-kültür doğrulaması için belirlenen aday kombinasyonlar
• Apache-2.0 lisanslı kod; bileşik düzeyindeki kısıtlı çıktılar gizli tutulur

Yalnızca araştırma hipotezleri; klinik öneri değildir.